В 1960-1980 гг. прошлого века службу лесозащиты в Мордовской АССР, осуществляли межрайонные инженера - лесопатологи. Подчинялись они республиканскому органу лесного хозяйства. В круг их обязанностей входили вопросы защиты лесов и питомников от вредителей и болезней, детальный лесопатологический надзор и текущие лесопатологические обследования. Работа осуществлялась в тесном взаимодействии со специалистами лесхозов и лесничеств. При необходимости планировались и проводились меры борьбы.
С 1978 года в составе Министерства лесного хозяйства Мордовской АССР функционировала лесная семеноводческая производственная станция (ЛСПС). Затем станция была сокращена. Вновь ЛСПС была организована в январе 1996 года. Как самостоятельная организация, государственное лесозащитное учреждение «Центр защиты леса Республики Мордовия» было организовано 31 августа 1998 года, а в августе 2002 года приказом ФГУ «Российский центр защиты леса» № 134 было реорганизовано в Филиал Федерального государственного учреждения «Российский центр защиты леса» «Центр защиты леса Республики Мордовия».
С течением времени в задачи филиала наравне с защитой леса вошло и осуществление работ связанных с лесным семеноводством. Так в январе 2007 года приказом ФГУ «Рослесозащита» от 24 января № 46-ф, в качестве структурного подразделения филиала, образован отдел «Мордовская лесосеменная станция».
В соответствии с приказом Федерального агентства лесного хозяйства от 14 марта 2011 года №70 в 2011 году филиал Федерального государственного учреждения «Российский центр защиты леса» был реорганизован в филиал Федерального бюджетного учреждения «Российский центр защиты леса» «Центр защиты леса Республики Мордовия».
Филиал является обособленным подразделением ФБУ «Рослесозащита» Зоной обслуживания филиала является лесной фонд Республики Мордовия общей площадью 680728 га, расположенный в девяти территориальных лесничествах.
